गुजरात केन्द्रीय विश्वविधालय की स्थापना केन्द्रीय विश्वविधालय अधिनियम 2009 (2009 का 25) से संसद के द्वारा ज्ञान के प्रसार व उन्नति, एकीकृत पाठ्यक्रमों का विशेष प्रावधान करने के लिए, देश के विकास के लिए जनशक्ति को शिक्षित और प्रशिक्षित करने के उद्देश्य से, शिक्षण में नवाचार को बढ़ावा देने के लिए उचित उपाय करने के लिए तथा लोगों के कल्याण व सामाजिक और आर्थिक परिस्थितियों में सुधार पर और उनके बौद्धिक, शैक्षणिक और सांस्कृतिक विकास पर विशेष ध्यान देने के हेतु से की गई  ।  
गुजरात केन्द्रीय विश्वविधालय ३ मार्च २००९ से अस्तित्व में आया। प्रोफेसर रावसाहेब के काले, जो शिक्षण में लंबा अनुभव रखते है और कैंसर और विकिरण जीवविज्ञान के क्षेत्र में मूल योगदान दिया व साथ साथ विश्वविधालय के प्रशासक भी है, की महामहिम श्रीमती प्रतिभा पाटिल ने विश्वविधालय के प्रथम कुलपति के रूप में नियुक्ति की।